MARCHITECT 寄付を大切な収入源と考えているＮＰＯは多いと思います。団体のWebサイトを持っている／これから作るならば、オンライン決済で寄付をできるようにすることで、Webサイト利用者からその場で寄付をいただける可能性が高まります。
ここ数年でPayPalやSPIKEなどの「月額利用料無料」のオンライン決済サービスを利用する事業者も増えたため、「月額利用料無料で、寄付額に対して数パーセントの手数料＋数十円の手数料で済むなら、それを使いたい！」と思うケースもあるかと思います。
しかし、実際に規約等をよく確認してみるとNPO団体は月額利用料無料のオンライン決済サービスを寄付には使えないということがほとんどのようです。
決済サービスについての比較記事は「オンライン決済 比較」等のキーワードで検索するといろいろ検索結果が出てきますが、NPOが寄付を集めるのに使えるか？という視点での比較記事は見当たらなかったため、各社に問い合わせをしてみた結果をまとめてみました。
※下記は「純粋な寄付」についての「オンライン決済サービス」をフリープラン（月額利用料0円）で利用することについての各社からの回答となり、「月額利用料が発生するプラン」や「寄付ではなく、物販やサービスの対価として決済をする」という場合はNPO団体であっても必ずしもNGということもないようです。
（掲載順はお問い合わせの回答順です）
「＜月額利用料無料＞のオンライン決済ツールをNPOが寄付集めに使えるか」の各社の回答まとめ
PayPalからの回答まとめ
→寄付金を募集できる団体は下記のみに制限されており、さらに審査が必要。
・公益社団法人
・公益財団法人
・特定公益増進法人
公益社団法人及び公益財団法人
私立学校法第3条に規定する学校法人
社会福祉法人
更生保護法人
・認定特定非営利活動法人及び、その他国税庁が規定する、「特定寄付金」に関する条件を満たす団体（参考）
＊PayPal公式サイトはこちら
Yahoo!ウォレット FastPayからの回答まとめ
→審査しだいなので、まずは申請をしてほしい（審査期間は約3週間）
※ただし2016年8月現在で、NPO法人へのYahoo!ウォレット FastPay導入例はない
＊Yahoo!ウォレット FastPay公式サイトはこちら
Stripeからの回答まとめ
→対応していない
WebPayからの回答まとめ（※2016年8月31日追記）
→月額利用料無料のスタータープランにおいても審査を通過すればVisa, MasterCardのみ利用可能。
最終的な利用可否に関しては審査を行うカード会社での都度判断であることを念を押される。
＊WebPay公式サイトはこちら
AnyPayからの回答まとめ（※2016年11月29日追記）
→寄付には利用不可。
＊AnyPay公式サイトはこちら
Spikeからの回答まとめ（※2016年11月29日追記）
（利用規約「5. 取扱商品等」の【制限商品】に「(6) 募金または寄付」と記載。）
フリープランで即時ご利用頂くことも可能ではあるものの、利用途中カード会社より指導を受け、利用停止となる場合もあることを予めご了承ください。
*Spike公式サイトはこちら
それぞれ、各社の判断でＮＰＯの寄付集めがＮＧになっているというよりは、クレジットカード会社の審査で、フリープラン（月額利用料0円）での利用は認められないということのようです。
クレジットカードの審査を経て合格となれば、月額利用料をお支払いする形でオンライン決済を利用できるケースもあるようで、下記の記事でご紹介しています。